En el año 2005 se desafilia de la AUF y retorna en 2009, obteniendo el tercer puesto en la tabla anual. En la siguiente temporada Nacional vuelve a conquistar la liga uruguaya en final ante Cerro coronando una liga con victoria en el Torneo Apertura, Clausura y la Tabla Anual logrando el Bicampeonato Uruguayo 2010-2011, nueva camiseta real madrid 2011-2012 y logrando treinta y nueve partidos sin perder a nivel local. Durante la presidencia de Ache se comenzó una campaña para aumentar el caudal social, buscando llegar a la cifra de 100 000 asociados.
