Finalmente, como líder del grupo de la Zona Sur, el cuadro azul disputó con Palestino, líder de la Zona Norte, el título de Segunda División en el Estadio Nacional: ambas escuadras empataron 0-0 y, en definición a penales, con un 5-4, camiseta del real madrid Universidad de Chile se adjudicó el trofeo. Durante su estadía en Segunda División durante 1989, con Mario Mosquera como nuevo presidente del club, Leonel Sánchez como ayudante de campo y Luis Ibarra como director técnico, pese a un inicio complicado, la «U» superó la primera fase del torneo y accedió a la segunda fase y final, en el grupo de la Zona Sur, jugando diez partidos: ganó siete, empató dos y perdió uno.
