Al terminar su contrato con el Arsenal el 30 de junio de 2010 tenía permiso para poder firmar por otro club desde enero de ese mismo año. El contrato entró en vigor el 1 de julio y llegó gratis al Atlético de Madrid al quedar libre ese año. Fran Mérida, aunque criado futbolísticamente en La Masía, es un aficionado atlético de corazón, lo que facilitó su llegada a Madrid. Sus parientes son de ascendencia andaluza y seguidores colchoneros, real madrid camiseta una tradición familiar que él ha heredado.
