El club jugó en esta ocasión en tres eliminatorias, primero eliminando al Slavia de Sofía búlgaro, después al Stuttgart de la Alemania Occidental y finalmente fue eliminado en octavos de final por el Ajax de Ámsterdam neerlandés tras perder por un resultado global de 2-0 ante un equipo plagado de figuras internacionales, como Frank de Boer o Dennis Bergkamp, y que posteriormente se proclamaría campeón del torneo. Ahora en la Liga de Ascenso empezaría un nuevo reto para el conjunto de Aguascalientes, el primer partido en la División de Plata del Fútbol Mexicano para Necaxa fue contra Tiburones Rojos de Veracruz en un Estadio Victoria casi vacío por el descenso vivido meses atrás, ganando por un gol a cero dando un inicio aceptable que con el tiempo empezó a ilusionar por terminar el Torneo Apertura 2009 Liga de Ascenso en tercer lugar de la tabla general con 8 victorias, 4 empates & 4 derrotas, ya en Liguilla el rival de los Cuartos de Final para Necaxa fue Cruz Azul Hidalgo el cual que venció 3-1 en el global, segunda equipacion real madrid ya en Semifinales Necaxa enfrentó a Lobos de la BUAP derrotándolos 2-0 en el global pasando a la Gran Final.